另外，产品通用并不能代表一切就可轻松简捷。SaaS厂商一直引以为傲的概念就是标准化、通用化，可适合不同企业多种管理软件的需求，可不用定制就可快速部署。的确，这些是一个成熟软件的标志，然而过于严谨生硬、千篇一律的SaaS标准模式，在面对成千上万的中小企业个性化、多样化的需求时难免有些无能为力，很难适应企业特色化、个性化的需求，而强调个性化又会加重企业开发成本，也不利于经济低迷期降低企业投入成本。而且，SaaS供应商即使暂时勉强满足了客户的个性化需求，由于客户的需求是在不断变化的，这会给后期的拓展带来很大的技术和成本问题。
目前企业在实施SaaS时碰到另一个较大问题就是集成。信息化的本质是通过企业内外部系统的集成和共享以降低成本和优化流程，然而，SaaS在如何与企业原系统的集成方面存在天然的硬伤。以SaaS型OA为例，由于OA应用架设于远端服务器，如果SaaS软件必须集成到企业客户的其他系统中，并和企业原有的业务系统以及桌面系统进行集成，那么相关的开发、融合集成工作会变得非常困难。对于更复杂一些的企业内部系统，如ERP，将其和SaaS软件进行整合几乎是不可能的任务。然而，如果SaaS供应商所提供的产品不能与用户原有的IT系统实现集成，就可能闲置企业老系统，并导致项目的失败和费用的增加。
风险难于管控也是SaaS应用时面临的一个大问题。拥有不等于占有，一旦企业的SaaS系统全面运行，企业的命运就掌握在SaaS供应商的手里，必须不断支付费用才能得到SaaS商持续、稳定的服务，甚至被迫接受SaaS商的不断提价。而一旦网络中断或服务器宕机，就会殃及用户使用其系统。另外，如果SaaS供应商出现什么经营困难或者双方无法合作，也可能给用户带来意外的风险，比如之前使用该软件存放的数据无法导出、或无法移植到其他的平台，这一变故带来的损失可能会很大。因此，企业在应用SaaS软件时，应充分考虑将来可能遇到的各种风险和价格变更的因素，而不仅仅是眼前的费用。
另外一个老调重谈的问题就是安全。由于互联网环境至今尚不完全规范，给基于互联网的SaaS应用带来了安全隐患。比如，在网络环境中传播和存储，极易受到黑客、病毒攻击，造成公文失密、信息被盗、被删除或被改写等严重后果，因此对网络应用安全性的担忧，在较大程度上妨碍了SaaS模式的推广、普及。显然，没有哪个SaaS供应商敢百分之百保证资料不会在传输过程中丢失或被入侵主机的黑客篡改、窃取，或者因为程序的漏洞而被其他使用者看到。因此企业必须评估是否甘愿冒安全风险。
综上所述，一些IT专家分析建议说，当前SaaS的应用市场比较适用于中小型企业以及个人用户，尤其是一些非关键领域和项目，而对于大型企业的实施应用SaaS软件，将存在种种不易解决的问题和麻烦，企业应“量身裁衣”。
选对郎，上对轿
任何事物都不可能十全十美，总是利弊相生。面对种类繁多、五花八门的SaaS产品，SaaS能否成功推广应用，助力中小企业走出困境，关键在于中小企业选型时能否“选对郎，上对轿”。中小企业成功应用SaaS，首先要做的就是要选择经济、简捷、易用的产品和服务，同时选择服务能力强而且具有责任心的服务商以及行之有效的实施方案，这样，信息化起步就快，见效也快。
其一，品牌要领先。正如选股重点要从绩优股、龙头股中“点将”一样，选用SaaS也要从优秀软件、领先厂商的品牌中挑选。尽管这对有些新兴供应商不公平，但这样做的好处是能保证项目实施失误率比较低。当然，也不要将公司规模作为挑选SaaS厂商时的绝对标准。
其二，产品性价比要高。近些年，众多良莠不齐的SaaS厂商所发起的价格战、促销战此起彼伏，令人眼花缭乱。因此企业选购必须谨慎，要注重投资回报率。价格是企业选购SaaS的主要因素，而那些价廉物美、性价比高、服务优良的SaaS产品更应成为企业首选产品。
其三，SaaS集成能力要强。集成能力是SaaS平台核心竞争力的重要指标，考察 SaaS解决方案的集成能力是否优异，将直接关系到企业用户新旧系统能否融合，成功部署SaaS应用。另外，SaaS中的系统是否具有良好的二次开发、自定义扩展的功能也很重要，以随时满足企业小改小革的需求。
其四，SaaS软件成熟度要高。SaaS试用用户和用户群多大，目前有多少成功用户，有无行业经验，软件可否接受大量用户的检验，用户反应如何，软件从推广至今历经多少版本升级，软件成熟度如何，收费、续费率如何等等都是选型之前需要考虑的。
其五，安全规章制度要健全。考察评估SaaS服务供应商是否建立了严格、规范的SaaS服务管理体系，是否拥有高水准、多层次的专业服务工程师队伍，能否提供完整、专业的配套业务体系，以及是否建立及时、准确的服务质量监控体系。
其六，灾备数据中心要完善。灾备数据中心的建立是企业数据安全的必要保证，因此要认真考察评估SaaS厂商的数据中心模式是什么，是否有备份站点，备份站点处在什么地理位置，复制策略是什么。企业应根据自身容灾恢复计划来校验厂商的数据转储策略，并询问他们是否要对数据存档进行额外收费。