中国B2B电子商务基础环境不完善
B2B电子商务要想得到长足的发展，所必需的基础设施必须完善，这些设施包括社会基础环境和关键部门的技术运行环境。需要政府的推动和企业的积极参与，要有完善的信息基础设施，需要建立必要的法律法规和技术标准。 相关法律法规和制度不健全，由于电子商务是一种“无纸化”的全新贸易方式，它必然需要具有针对性的法规加以规范，以保证电子商务这一新兴的贸易方式按照其自身的规律安全、健康的发展。
目前很多银行开展了在线支付，电子钱包、数字货币、智能卡等支付手段也在发展中，但中国目前尚无真正的信用制度，所以企业的异地开户无法实现，像招行这样在在线支付领域领先的企业同样面临着网点覆盖不全的困境，很多偏远地区的企业要完成网上交易实属不易。而且，在解决B2B的过程中，企业面临很多操作上的问题，比如银行的信用证问题、三角债问题，都是制约的因素。围绕这样一个不完善的环境，企业实施电子商务必然存在一系列麻烦，所以现在很多企业即使做电子商务，也是体内循环体外支付的变通方式。因此银行、税务等金融系统应该给电子商务营造更好的环境。
中小企业对电子商务的认知尚浅
在中国B2B 电子商务的市场上，目前存在的最大的问题是中小企业对电子商务的认知程度很低，目前仅有42.6%的中小企业在使用电子商务服务，发展空间很大。虽然在金融危机的影响下，部分中小企业开始逐渐意识到电子商务的好处，并且开始尝试使用电子商务服务，但是目前大部分的中小企业还处在观望状态，对电子商务的认知尚浅。所以，政府和企业都需要做好市场培育的工作，加大宣传力度，做好企业参与电子商务的意识引导、培育，增强他们对电子商务的信心，给中小企业带来更多的订单。
中小企业电子商务人才的缺乏
目前，中国电子商务行业都缺乏具有经验的电子商务人才，尤其是中小企业在吸纳人才方面有很大的阻碍。电子商务的推广方式不同于中小企业原有的传统的模式，中小企业已经习惯了原有的传统的销售模式，在利用电子商务进行推广时需要改变原有的销售模式。所以，电子商务运营商需要帮助中小企业做好人才培养工作。
B2B 电子商务平台的风险控制需要加强
B2B 电子商务平台在风险控制方面主要有两种方式，信息服务类网站的风险控制主要是通过认证来完成，但是目前认证形式较单一，种类较少，还不能从根本上行使社会信誉保证的作用，只能作为网站的辅助验证手段，目前和电子商务相关度不太高;交易服务类网站需要通过对整个在线交易过程的监控，归根到底就是实现对货物和货款的监控，这需要大资源的投入和雄厚的技术实力，所以对电子商务企业的要求较高，未来电子商务平台需在风险控制方面加大投入力度，这也是影响B2B 电商平台未来发展的核心要素之一。
尽管存在上述诸多问题，B2B电子商务在未来贸易商务活动中将发挥越来越重要的作用，在政府、第三方B2B电子商务平台、金融机构、企业等各方参与主体的共同努力下，未来几年B2B电子商务将保持良好的增长态势。