堆垛机的安全包括人的安全、设备的安全、存储货物的安全。

设备检测到巷道有人行走（或自身开关检测到、外部站点通知到）就会快速调整到零速度，直至巷道无人时，设备重新以低速启动完成被中断的任务。

设备本身要有互锁功能，保证运行电机和叉体电机不会同时运转，在轨道起始端和末端，也需要相应保护措施。这些功能涉及到排除重大安全隐患，不仅需要程序保护，还需要电气线路互锁。

对于存储货物的安全，需要检测物料在运行中是否堆放整齐，可根据实际需要和成本控制设计光栅检测、对射开关检测等。

以上功能均需要在程序设计或电路设计中加以体现。而对于多路安全检测功能，则需要多路安全检测能够独立地起作用。任意一路起作用，都能停止设备运行或做出保护动作。

程序设计完成之后，需要单独的测试程序以检测这些功能是否具备，同时还要测试程序保护功能失效后电气保护装置能否发挥作用。