《政府采购法》规定供应商要以书面形式提出质疑，但是对于质疑具体应当包括哪些内容却未予以明确。根据《政府采购供应商投诉处理办法》和相关法律规定，笔者认为供应商质疑的形式要件主要包括以下几个方面：一是按照政府采购法的规定，质疑必须以书面形式提出。二是质疑须在法律规定的期限内提出。三是质疑须有具体的事项、事实依据和相关证明材料。四是质疑应当署名，质疑人为自然人的，应当由本人签字；质疑人为法人或其他组织的，应当由法定代表人（主要负责人）签字或项目授权代理人签字并加盖公章。只有质疑符合以上形式要件，采购机构才能受理，否则应告知供应商修改后重新提出。
    如何确定相关期限的起止时间
    《政府采购法》规定供应商提出质疑的期限为知道或应知其权益受到损害之日起七个工作日，采购机构答复质疑的期限为收到书面质疑后七个工作日。政府采购法虽然规定了质疑提出和答复的期限，但是在具体适用过程中如何计算期限的起止时间还需要进一步明确。《民法通则》规定：“按照日、月、年计算期间的，开始的当天不算入，从下一天开始计算。期间的最后一天是星期日或者其他法定休假日的，以休假日的次日为期间的最后一天。期间的最后一天的截止时间为二十四点。有业务时间的，到停止业务活动的时间截止。” 根据《民法通则》的相关规定，我们可以明确供应商提出质疑期限的起算点为知道或应知权益受到损害之日的第二天，期限的截止日如为法定休假日的，则以休假日的次日为最后一天，截止时间为业务活动停止时间。质疑答复的期限起算点为收到书面质疑的第二天，但是如果经审查质疑不符合要求，告知供应商修改后重新提出的，以重新提出质疑并受理之日的第二天为质疑答复的起算点。质疑答复期限截止日的确定与质疑提出期限截止日的确定方法相同。
     如何确定供应商质疑是否超出期限
    《政府采购法》对供应商质疑处理借鉴了《民法通则》对于诉讼时效的规定。《民法通则》规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外” 、“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”通过以上规定我们可以看出人民法院对民事权利的保护有时间上的限制，期间的起算点从知道或应当知道权利被侵害时起计算。《政府采购法》对供应商的质疑期限规定为七个工作日，超出期限，采购机构可以不予受理质疑。在具体操作时，如何确定供应商质疑期限的起算点即如何确定供应商知道或者应知其权益受到损害的时间关系到认定供应商质疑是否超期限和采购机构是否受理的问题。根据《政府采购法》对供应商质疑的相关规定，在确定质疑期限起算点时可以分为以下三种情况区别对待：一是供应商如果对采购文件提起质疑，确定其质疑的起始时间应为采购文件领取时间，因为供应商领取了采购文件我们就可以认定其知道或应知采购文件内容是否对其权益造成了损害。二是对于采购过程提出质疑的时间，应具体问题具体分析，一般情况下应认定为采购过程中某一采购行为通过相关途径为供应商所知的时间为起始时间。三是对于采购结果提出质疑的时间，应认定为采购结果公开对外宣布的时间，采购结果一经宣布，供应商就可以判断其权益是否受到侵害。
    此外，在确定供应商质疑是否超出期限时还应注意通过邮寄送达质疑而产生的问题。特别是一些外地供应商，从节约成本的角度考虑，往往采取邮寄的方式提出质疑。由于邮寄需要一定的在途时间，虽然寄出时在期限之内，但寄到时有可能已在期限之外了。根据民法理论中的发信主义，笔者认为只要邮件寄出的时间在有效期限内，就可以认定为质疑的提出是在有效期限内，这样可以有效避免因各种因素导致邮件在途时间延长而对供应商权益所造成的损害。
    质疑处理的各个环节均应采取书面形式
    采购机构应特别注意在质疑处理的各个环节均应采取书面形式，留有书面证据，避免供应商投诉时，无证可对。《政府采购法》规定质疑的提出和处理结果均须采取书面形式。财政部2007年新出台的《财政部关于加强政府采购供应商投诉受理审查工作的通知》中，第二个问题专门规定“不予受理的投诉要书面告知”，参考财政部对供应商投诉的做法，采购机构在不予受理质疑时也应采取书面形式告知。除了以上规定外，笔者认为以下各环节中均应采取书面形式。一是专门负责质疑处理的人员应设置质疑处理登记薄，包括项目名称、项目编号、项目部室、质疑供应商、质疑时间、质疑内容、答复时间等内容，方便查询和掌握质疑处理的整个过程，为事后应对供应商投诉做好准备工作。二是供应商当场送达质疑时，应出具统一格式的质疑签收证明；邮寄送达时应保存信封或特快专递信息联等有效证明。三是质疑答复书当场送达时，应出具统一格式的质疑答复书签收证明；邮寄送达时，应采取挂号信或特快专递等能够留有书面邮寄证明的方式寄出，并保存相关的邮寄证明。
    项目操作部室与质疑处理部室应相互分离
   对于供应商质疑具体由采购机构的哪个部室来负责处理，法律并未做出明确的规定，各个采购机构的做法也不相同，有的是由项目操作部室直接处理质疑，有的是由综合部室负责处理。笔者认为在供应商质疑处理问题上应采取项目操作部室与质疑处理部室相互分离的原则。由于项目操作部室是采购项目的具体操作部室，在处理质疑时难免会先入为主，对于质疑的处理很难保证客观公正，而且即使处理结果是客观公正的，但因为是“自己评价自己”，也很难让供应商信服。综观各类纠纷的处理机制，笔者认为由采购机构中较为中立的综合部室负责具体处理供应商质疑是较为恰当的，这样做一方面可以建立健全采购机构相互制约、相互分离的内部监督制约机制，另一方面在制度上可以保证质疑处理的客观公正性。