但环保部政策法规司相关人士坦承，目前环境保护法律体系最大的问题“不是立法滞后，而是执行不力。”对此，中华环保联合会秘书长顾问吕克勤也指出，违法成本低使得企业生产成本转移到社会环境成本中，一些违法企业更将行政罚款当作对非法排污的认可。吕克勤呼吁，将环境执法部门的执法权限以法律形式固定下来，消除其他政府部门、个人或团体对环境执法的干涉。
而一位参与新环保法修订的法学家告诉记者，据一些基层企业反映，涉及污染物减排、环境违法、环境影响评价、环保技术改造、环保宣传等不同业务，地方上有总量处、环监局、环评处、技术处、宣教处等六七个处轮番到企业检查指导，导致企业疲于奔命。“环保部门不能只注重执法权扩大，还应将不同业务部门的执法权整合到一个平台。”他说。
