安徽省各地市将此次“三线三边”整治活动作为清理非法码头，整治岸线环境的契机，部分地市对航道环境、非法小码头、码头环境的整治工作推动较快。淮南、合肥、蚌埠、滁州、铜陵等市对非法小码头、码头环境的整治工作走在全省的前列。

合肥市结合对南淝河左、右岸堤防综合治理工程的实施，合肥港南淝河港区上游部分码头被拆除，使得南淝河港区码头布局整体上的小、散、乱局面有所改观;蚌埠市港航局结合防汛及港口岸线清理工作，对影响最严重、分布最集中的淮河岸边怀远马城作业区和浍河岸边固镇城关作业区两处的小码头进行了重点清理整顿;铜陵市港航管理局对港口码头作业区的环境整治检查整改工作全面展开， 8月底前已安排整治资金2000万元。目前，全省共拆除码头76座、关停25座，拆除关停码头泊位204个，拆除关停港口吞吐能力约2600万吨，改造码头34座。